在行政区划上，蓬莱区是烟台的第5座市辖区，但从设区至今的客观情况来看，蓬莱区堪称烟台各区中最难的那一个。
为什么说蓬莱在各区里最难？
一、撤市设区并没有使实际管辖范围实现增加
2020年，原蓬莱市、长岛县撤销，设立烟台市蓬莱区，这一命名的方式意味着蓬莱是主体，长岛是被并入的一方。
有了长岛县的加入，蓬莱的确实现了行政区划面积上的增加，但也仅限于这方面的增加。因为在长岛县撤销后，原本以整个长岛县为依托设立的“长岛海洋文明综合试验区”继续保留了下来，并且将长岛县的运行实体转到长岛试验区。
在烟台市的实际管理体制上，长岛综合试验区由市政府的派出机构长岛海洋文明综合试验区管委会直接行使管理职能，副厅级的配置甚至高于蓬莱区。
此外，原长岛县下辖的各乡镇也直接由试验区实际管理。在部分事务上，长岛综合试验区自成一体，与蓬莱区分开运转。例如拥有自己的财政金融局、经济发展局、人力资源和社会保障局、教育和卫生局、综合行政执法局、交通和住建局等机构，市公安局、生态环境局均在试验区设分局。
在与长岛合并设区这事办成后，两者基本上仍是各过各的，蓬莱区实际的管辖范围要小于行政区划范围。
二、黄渤海新区的设立使蓬莱区的实管范围大幅减少
若只在“蓬莱与长岛试验区分开运转”的情况下，蓬莱区尚能拥有原蓬莱市的管理范围。但随着省级新区——黄渤海新区的设立，蓬莱区实际能管理的范围被大幅度压缩。
由于黄渤海新区的身份也不是行政区，所以其从蓬莱“拿走的”街道、乡镇等是“属管分离”的状态，即行政区划仍在蓬莱区，实际管理在新区。
在空间范围上，蓬莱区有229.06平方公里的区域被纳入新区管理范围，占新区范围的45.8%，占整个蓬莱区的近五分之一。
三、蓬莱区的实管空间被新区“割裂”
在区位上，南王街道、北沟镇分别在蓬莱城区南部、西南方向，但非常不巧的是二者均有部分区域被纳入新区管理，呈带状式将蓬莱城区与蓬莱中南部的乡镇割裂成两部分。
虽然行政区划不变，但实际管理层面上已经出现了蓬莱城区成为“飞地”的情况。这对于城区与乡镇之间的联动发展、大方向规划、交通设施的修建，乃至城区自身的扩张都是不利的。
