作废的发票处理方式如下：
妥善保管
建议企业将作废发票单独存放，并做好登记记录，方便日后查阅和管理。
定期销毁
根据相关法律法规，企业可以定期对作废发票进行集中销毁。销毁方式可以选择碎纸机粉碎、专业机构销毁等，确保发票信息无法恢复。
保留备查
部分行业或地区可能对作废发票的保存期限有特殊要求，企业应咨询当地税务机关，了解具体规定，并按规定期限保留作废发票备查。
作废发票申报表
需要准备作废发票申报表，表内需要填写发票号码、作废原因和发票金额，同时需要提供发票的真伪证明。然后将作废发票表提供给税务机关，税务机关经检查无误后，会同意作废，并在作废发票申报表上加盖公章，最后会给予警告或者罚款。
发票联次保管
作废的发票的所有联次需要保管好，并按月装订成册。由于发票已经作废，就不需要对作废发票做相应账务处理，只需要把作废的发票所有联次按规定保管好，不要把作废的发票弄丢了。
冲销处理
如果发票已经入账但后续确认为作废的情况下，需要对已经入账的发票进行冲销处理，将原始发票的金额从相应的会计科目中减去，以撤销对该发票的入账记录，并在账务记录中清楚地说明此次发票作废的原因和事由。
发票遗失处理
如果作废的发票丢失，可以向开具该发票的单位或商家申请补办，提供相关的证明材料，如购物小票、结算单据等。如果无法补办发票，可以向开具该发票的单位或商家核查该发票的作废情况，以确定是否可以继续使用。如果无法确定作废情况或者发票已被他人使用，可以向当地税务部门申报发票遗失情况，以避免发生不必要的税务问题。
税务机关备案
作废发票实体本身保存存放，由专人复核单份，并交报税务机关备案。
发票销毁法
采用国家规定的方法将发票销毁，销毁不完全或发生变故的，须重新销毁。一般来讲，在省级以上税务机关认可的发票打印厂及开具点条件下，可采用缴存法进行更证书作废发票的处理；而对于一般税务机关不认可的开具点，应选用销毁法来处理作废发票。
综上所述，作废发票的处理方式包括妥善保管、定期销毁、保留备查、作废发票申报表、发票联次保管、冲销处理、发票遗失处理、税务机关备案和发票销毁法。企业应根据相关法律法规和自身情况，选择合适的处理方式，确保作废发票的合规性和安全性。
