商业合同纠纷的处理方式主要有以下几种：
协商
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
调解
如果合同当事人不能协商一致，可以要求有关机构进行调解。调解可以是合同管理机关、仲裁机构或法庭等。
仲裁
如果合同当事人协商不成且不愿调解，可以根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。
诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。符合起诉条件的，人民法院应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理。
建议
优先选择协商：在合同双方都有意愿和条件的情况下，首先应选择通过协商解决问题，因为这种方式成本最低，效率最高。
合理利用调解：如果协商无果，可以考虑通过调解解决，调解机构可以是专业的调解机构或行业内的调解中心。
仲裁与诉讼的选择：如果合同中有仲裁条款或双方事后达成仲裁协议，应优先选择仲裁，因为仲裁的效率和私密性通常优于诉讼。如果合同中没有仲裁条款且没有达成仲裁协议，再选择向法院提起诉讼。
注意法律时效：在提起诉讼前，应注意合同纠纷的诉讼时效，通常为三年，避免因时效问题影响诉讼结果。
通过以上方式，商业合同纠纷可以得到合理有效的解决，保护合同双方的合法权益。
